Die maltesischen Inseln bestehen fast ausschließlich aus marinem Sedimentgestein, das vor 25 Millionen Jahren von Kalkablagerungen  abgestorbener Meeresorganismen gebildet wurde. Geologisch gehört der maltesische Archipel zum europäischen Festlandsockel und wurde nach der Eiszeit vom Festland abgetrennt. Es lassen sich fünf Gesteinsschichten auf Malta feststellen : zuunterst das harte, poröse Korallenkalkgestein, dann der weichere, leicht zu verarbeitende Globigerinenkalk, der bis heute als wichtigstes Baumaterial  der Inseln genutzt wird. Es folgen blauer Ton und Grünsande und die oberste Schicht bildet der obere Korallenkalk.
Es gibt weder Flüsse noch Seen auf Malta, jedoch führen die tiefeingeschnittenen Trockentäler nach den Regenfällen im Winter Wasser. Der höchste Erhebung der Insel sind mit 253 m die Dingli Klippen.